Ιερά Εξέταση είναι ένας γενικός όρος που αναφέρεται στην εκδίκαση από την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία υποθέσεων που αφορούσαν ομάδες ή μεμονωμένα άτομα τα οποία βαρύνονταν με την κατηγορία της αίρεσης.
Ο όρος μπορεί να αναφέρεται σε Ρωμαιοκαθολικό εκκλησιαστικό δικαστήριο ή άλλο θεσμό με σκοπό την καταπολέμηση και καταστολή των αιρέσεων, σε έναν αριθμό ιστορικών κινημάτων κάθαρσης κατά των αιρέσεων ή στη δίκη συγκεκριμένων ατόμων με την κατηγορία της αίρεσης.
Ο θεσμός αυτός είναι πολύ γνωστός λόγω του τρόπου διενέργειας των ανακρίσεων βάσει των οποίων συγκεντρώνονταν στοιχεία για τις δίκες ή ομολογίες, με απάνθρωπα βασανιστήρια.

Εκφάνσεις της Ιεράς Εξέτασης
Οι ιστορικοί αναγνωρίζουν τέσσερις διαφορετικές εκφάνσεις της Ιεράς Εξέτασης: τη μεσαιωνική, την ισπανική, την πορτογαλική και τη ρωμαϊκή. Λόγω του αντικειμενικού της στόχου, που ήταν η καταπολέμηση των αιρέσεων, η Ιερά Εξέταση είχε δικαιοδοσία τυπικά μόνο επί των βαπτισμένων μελών της Εκκλησίας (τα οποία συνήθως αποτελούσαν την συντριπτική πλειοψηφία του πληθυσμού). Οι μη χριστιανοί κατηγορούμενοι μπορούσαν εντούτοις να περάσουν από δίκη για βλασφημία σε λαϊκά δικαστήρια. Επίσης οι περισσότερες δίκες μαγισσών γίνονταν από λαϊκά δικαστήρια.

Μεσαιωνική
Μεσαιωνική Ιερά Εξέταση είναι όρος που χρησιμοποιείται από τους ιστορικούς για να περιγράψει διάφορες δικαστικές «Εξετάσεις» ή ανακρίσεις που ξεκίνησαν γύρω στο 1184, περιλαμβανομένης της Επισκοπικής Εξέτασης (1184-1230) και αργότερα της Παπικής Εξέτασης (1230). Ήταν η απάντηση της Εκκλησίας σε διάφορα σημαντικά λαϊκά κινήματα στην Ευρώπη, τα οποία θεωρήθηκαν αποστατικά ή αιρετικά για την Χριστιανοσύνη. Χαρακτηριστικά παραδείγματα αποτελούν οι αιρέσεις των Καθαρών και των Βαλδένσιων στη νότια Γαλλία και τη βόρεια Ιταλία.

Ισπανική
Η Ισπανική Ιερά Εξέταση συγκροτήθηκε από τον Βασιλιά Φερδινάνδο Β’ της Αραγωνίας και τη Βασίλισσα Ισαβέλλα της Καστίλης το 1478, με την έγκριση του Πάπα Σίξτου του Τέταρτου. Στόχευε κυρίως τους εκχριστιανισμένους Εβραίους και Μουσουλμάνους και αργότερα τους Προτεστάντες. Στην Σικελία και στη νότια Ιταλία, οι οποίες βρίσκονταν υπό ισπανική κατοχή, στόχευε Έλληνες Χριστιανούς Ορθόδοξους. Μετά την εκτόνωση των θρησκευτικών διαμαχών κατά τον 17ο αιώνα, η Ισπανική Ιερά Εξέταση μετεξελίχθηκε σταδιακά σε μυστική αστυνομία ενάντια σε εσωτερικές απειλές κατά του κράτους.

Πορτογαλική
Η Πορτογαλική Ιερά Εξέταση ιδρύθηκε στην Πορτογαλία το 1536 από τον Βασιλιά της Πορτογαλίας, Ζοάο ΙΙΙ, ως πορτογαλικό ανάλογο της πιο γνωστής Ισπανικής Ιεράς Εξέτασης.

Ρωμαϊκή
Το 1542 ο Πάπας Παύλος Γ’ ίδρυσε μια μόνιμη σύνοδο, στελεχωμένη με καρδινάλιους και άλλους αξιωματούχους, καθήκον της οποίας ήταν η διατήρηση και υποστήριξη της ακεραιότητας της πίστης, αλλά και η εξέταση ψευδών δογμάτων. Αυτό το σώμα, η Σύνοδος της Ιερής Έδρας ή Σύνοδος για το Δόγμα της Πίστης, μέρος της Ρωμαϊκής Κούριας, έγινε το επιβλέπον σώμα για τις τοπικές Εξετάσεις. Πιθανότατα η πιο διάσημη υπόθεση που δικάστηκε από τη Ρωμαϊκή Ιερά Εξέταση ήταν αυτή του Γαλιλαίου Γαλιλέι, το 1633.

Η γέννηση της Ιεράς Εξέτασης
Όταν τον 4ο αιώνα μ.Χ. καθιερώθηκε ο Χριστιανισμός ως επίσημη θρησκεία, από τους Ρωμαίους Αυτοκράτορες, οι αιρετικοί ανακηρύχθηκαν εχθροί του κράτους, κυρίως όταν εκφράζονταν βίαια.
Αρχικά, η επίσημη θέση της Ρωμαϊκής Εκκλησίας ήταν κάθετα ενάντια στην θανατική ποινή ή και κακοποίηση αυτών που δικάζονταν ως αιρετικοί και περιόριζε τις ποινές στον αφορισμό. Οι διώξεις, καταδίκες, βασανισμοί και θανατώσεις που γίνονταν μέχρι τότε, ήταν ανεξάρτητες της Εκκλησίας και γίνονταν με διαταγή των εκάστοτε Ρωμαίους και Βυζαντινούς Αυτοκράτορες (βλ. π.χ. διώξεις των Παυλιανών από την Αυτοκράτειρα Θεοδώρα τον 10ο αιώνα και αντίστοιχα τον 12ο αιώνα διώξεις από τον Αυτοκράτορα Κομνηνό).
Οι απαρχές του ιστορικού φαινομένου τής Ιεράς Εξετάσεως (Inquisitio sacra) εντοπίζονται από 12ο αιώνα, όταν άρχισαν να πληθαίνουν οι περιπτώσεις αμφισβήτησης, τόσο από μεμονωμένα άτομα όσο και από ομάδες, του επίσημου δόγματος της Εκκλησίας στη Δύση. Ακριβέστερα, το έτος γέννησης της Ιεράς Εξετάσεως εντοπίζεται στα 1184, όταν ο πάπας Λούκιος Β΄ εκδίδει εγκύκλιο, με την οποία επιφορτίζονται οι επίσκοποι να αναθέτουν σε έμπιστους ανθρώπους του ποιμνίου τους την αποστολή να ανακαλύπτουν «αιρετικούς» στις τάξεις του ποιμνίου τους και να τους προσάγουν στα εκκλησιαστικά δικαστήρια. Η αποστολή αυτή θα ανατεθεί αργότερα (το 1227) από τον πάπα Γρηγόριο Θ΄ στα μέλη των μοναχικών ταγμάτων των φραγκισκανών, αλλά ιδιαίτερα, των δομινικανών.

Από το 1252 εισάγεται επίσημα (με παπική βούλα του Ιννοκεντίου Δ΄) η μέθοδος της σωματικής βασάνου από τον ιεροεξεταστή inquisitor για την απόσπαση ομολογίας από τον κατηγορούμενο. Πολύ σύντομα ο κύκλος την υπόπτων θα διευρυνθεί και θα περιλάβει και πρόσωπα που θεωρούνται μάγοι και μάγισσες. Έτσι η πρώτη καταδίκη για μαγεία θα απαγγελθεί το 1264. Σύμφωνα με υπολογισμούς, ο αριθμός των προσώπων που καταδικάστηκαν, σε όλο το διάστημα από το 15ο ως το 18ο αιώνα, στον δια πυράς θάνατο σαν μάγοι (κυρίως γυναίκες) ανέρχεται στις 50 έως 80 χιλιάδες. Μια ιδιαίτερη έξαρση του φαινομένου παρατηρείται στην Ισπανία κατά τους 15ο και 16ο αιώνες, όπου ή Ιερά Εξέτασις, ως κρατικός θεσμός, υπηρέτησε κυρίως τις σκοπιμότητες της κοσμικής εξουσίας.

Η Ιεραρχική «πυραμίδα» της Ιεράς Εξέτασης, ξεκινούσε από 2 ισόβαθμους Ανώτατους Ιεροεξεταστές, που έδιναν αναφορά κι έπαιρναν διαταγές κατ’ ευθείαν στον και από τον Πάπα. Αυτοί με την σειρά τους, μετέφεραν την διαταγή στους υπόλογούς τους Ιεροεξεταστές, οι οποίοι αποτελούσαν ένα σώμα που απαρτιζόταν όχι μονάχα από κληρικούς, μα κι από αξιωματικούς και από συμβούλους.
Οι Ιεροεξεταστές μπορούσαν να αφορίσουν έως και Πρίγκιπες, κάτι που τους έδινε κύρος και δύναμη. Η φήμη τους, από τις αρχές ακόμα της ίδρυσης της Ιεράς Εξέτασης, εξαπλώθηκε ταχύτατα, μα οι γνώμες διέφεραν ακραία: μερικοί Ιεροεξεταστές φημίζονταν για τις δίκαιες αποφάσεις τους και το έλεός τους, ενώ άλλοι έσπερναν τον τρόμο λόγω της σκληρότητά τους .

Η ίδρυση και δράση της Ιεράς Εξέτασης, καθ’ όλη την διάρκεια της ιστορίας της, ποτέ δεν κατάφερε να προκαλέσει ομόφωνα την αποδοχή της ύπαρξής της σε Βασιλείς, Πρίγκιπες, Αξιωματικούς, ακόμα και Καρδινάλιους κι Επισκόπους. Πάντοτε υπήρχαν τα υψηλά ιστάμενα πρόσωπα που καταδίκαζαν την ύπαρξή της και δράση της, μα η δύναμή της και εξάπλωσή της ήταν τέτοια, που δεν καθαιρούνταν εύκολα. Πολύ σύντομα, από το δεύτερο κιόλας μισό του 13ου αιώνα, δρούσε πλέον αυτοκέφαλα, κι ούτε ο ίδιος ο Πάπας δεν μπορούσε να την σταματήσει…

Ξεκινώντας την ιστορία της, η δράση της Ιεράς Εξέτασης περιορίστηκε κυρίως στην βόρεια Γαλλία και την νότια Ιταλία, διώκοντας τους Φραγκισκανούς και τους Δομινικανούς. Σκοπός τους ήταν να συλλαμβάνουν τους αιρετικούς, να προσπαθούν να τους στρέψουν πίσω στην Καθολική Εκκλησία διδάσκοντας, κι αν δεν τα κατάφερναν, να τους δικάσουν, με ανώτατη ποινή τον θάνατο.
Πολύ γρήγορα όμως επεκτάθηκε εκτός αυτών των γεωγραφικών και θρησκευτικών ορίων, αλλά το χειρότερο ήταν ότι επεκτάθηκε και σε βίαιες μεθόδους προσηλυτισμού και εκδίκασης. Η αρχική καθοδήγηση για διδασκαλία, εφαρμόστηκε για ελάχιστο χρονικό διάστημα. Από το 1252 και μετά, έχοντας πλέον και επίσημα την έγκριση για χρήση βασανιστηρίων από τον Ινοκέντιο Δ’, η δράση της τέθηκε εκτός ελέγχου και πλέον εκδικάζονταν όχι μονάχα αιρετικοί, αλλά και αλλόθρησκοι και «βλάσφημοι» και «μάγισσες» ακόμα και άνθρωποι της επιστήμης.
Ο Αλέξανδρος Δ’, το 1258, σε μια προσπάθεια να χαλιναγωγήσει την δράση της Ιεράς Εξέτασης και να περιορίσει την έκταση που είχε πάρει, διατάζει την διακοπή της χρήσης βασανιστηρίων, να περιοριστούν μόνο στις υποθέσεις αιρετικών και να αποκλείσουν τις υποθέσεις Μαγείας. Αλλά το διάταγμά του «έπεσε στο κενό» και η Ιερά Εξέταση συνέχισε την δράση της, ανενόχλητη από το διάταγμα. 7 χρόνια αργότερα, το 1265, ο Κλήμης Δ’ επαναφέρει επίσημα τη χρήση βασανιστηρίων και το 1326 με διάταγμα της Εκκλησίας, η Ιερά Εξέταση έχει πλέον και επίσημα την άδεια να εξετάζει υποθέσεις Μαγείας. Εκείνη τη χρονιά, ξεκινά πλέον επίσημα το λεγόμενο «κυνήγι μαγισσών».

Η πλέον γνωστή για την σκληρότητά της, ήταν η Ισπανική Ιερά Εξέταση, που ιδρύθηκε ως ανεξάρτητη από την Ρωμαϊκή Ιερά Εξέταση, το 1478 από τον βασιλιά Φερδινάρδο Ε’ και την βασίλισσα Ισαβέλλα Α’, με παπική άδεια.